Katedra i Klinika Chirurgii Dziecięcej prowadzi zajęcia dla studentów V i VI roku kierunku lekarskiego (studia stacjonarne i niestacjonarne) oraz dla studentów English Division. Dodatkowo zajęcia z chirurgii dziecięcej odbywają studenci uczestniczący w programie Erasmus.
Klinika Chirurgii Dziecięcej posiada akredytację CMKP na prowadzenie szkolenia specjalizacyjnego w zakresie chirurgii dziecięcej oraz staży kierunkowych z chirurgii dziecięcej dla innych specjalności.
Przy oddziale funkcjonuje Studenckie Koło Naukowego Chirurgii Dziecięcej (opiekun: dr Kacper Kroczek) gdzie studenci mają możliwość teoretycznego i praktycznego pogłębienia wiedzy dotyczącej leczenia chirurgicznego pacjentów pediatrycznych. Koło corocznie jest ujmowane w rankingach Studenckiego Towarzystwa Naukowego CM UMK a członkowie zdobywali liczne nagrody na konferencjach dla studentów i młodych naukowców.